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신우신염의 원인균으로서 E. coli에 의한 감염이 가장 많았으며 항생제에 대한 내성도 같이 증가하고 있고 현재는 ampicillin, TMR/SMX을 신우신염의 일차약제로 사용하는 비뇨기과의사는 없을 것이다. Ciprofloxacin도 최근 들어 내성률이 현저하게 증가하여 신우신염의 일차약제로는 부적합한 것으로 나타나고 있다. 따라서 새로 개발된 비싼 약제를 투여하게 된다.